La Fundación está regida por un Patronato cuya composición es:
Miembro del Patronato
Card. Arzobispo de Madrid
Miembro del Patronato
Gran Canciller de la UPSA
Obispo de Ciudad Rodrigo y Salamanca
Miembro del Patronato
Obispo Auxiliar de Madrid
Pte. de la Subcomisión Episcopal de Universidade y Cultura (CEE)
Miembro del Patronato
Obispo de Astorga
Miembro de la Subcomisión Episcopal de Acción Caritativa y Social (CEE)
Alfonso Bullón de Mendoza
Miembro del Patronato
Pte. de la Asociación Católica de Propagandistas (ACdP) y de la Fundación San Pablo CEU
Miembro del Patronato
Director General de la Fundación Pablo VI
Letrado del Consejo de Estado
Miembro del Patronato
Subdirector de la Fundación Pablo VI
Dtor. del Secretariado de la C.E. para la Pastoral Social y Promoción Humana (CEE)
Alfonso Carcasona García
Miembro del Patronato
Empresario