La Fundación Pablo VI nace como heredera del Instituto Social XIII erigido el 24 de agosto de 1950 por la Santa Sede como Centro de Estudios Superiores en Ciencias Sociales, para promover la investigación y la difusión de la Doctrina Social de la Iglesia.

El 25 de febrero de 1957, por Decreto de la Congregación de Seminarios y Universidades, es erigida “in perpetuum” como persona moral de Derecho Pontificio, y el 15 de agosto de 1964 la misma Congregación eleva sus estudios a la categoría de Facultad Universitaria quedando vinculada académicamente a la Universidad Pontificia de Salamanca.

En 1968 la Fundación Pablo VI sucede como persona jurídica al Instituto Social León XIII y asume la titularidad del Colegio Mayor Pío XII como obra propia. En 1971 el instituto deriva en la Facultad de Ciencias Sociales, y en 1975 recibe el nombre Facultad de Ciencias Políticas y Sociología León XIII.

En 1990 se erigen la Facultad y la Escuela Universitaria de Informática, en 2001 el Centro de Estudios Tecnológicos y Sociales, y en 2005 los Estudios de Arquitectura, Arquitectura Técnica e Ingeniería en Organización Industrial.

En el año 2018 la Fundación renovó sus programas formativos a través de la promoción de un think tank y la organización de congresos, foros y seminarios en ámbitos como bioética, ciencia y salud; tecnología, ecología,  desarrollo y promoción humana; diálogo cultural, social y político; liderazgo humanista y economía social y digital.

Así, en ese año se inauguraron el Observatorio de Bioética y Ciencia, los Foros de Encuentros Interdisciplinares y el Centro de Pensamiento Pablo VI para reflexionar y recuperar el legado de Papa Montini. En 2019 nace la Escuela de Economía y Sociedad y se lleva a cabo el I Programa de Liderazgo Iberoamericano en España, que está a punto de celebrar su cuarta edición, consolidando así la apuesta de la Fundación por un liderazgo humanista.